El Departamento de Planificación, Control y Gestión Institucional tiene por objetivo colaborar con el monitoreo y verificación de la correcta implementación y desarrollo de los programa, acciones y tareas que ejecuta la Subsecretaría y representar a la Subsecretaría en las instancias que le designe, desarrollar y liderar el proceso de planificación estratégica del servicio, para dar cumplimiento a la misión institucional, entre otros.

El orden interno del  Departamento  se rige según la Resolución exenta N°1916 del 09 de agosto del 2023.

Actualmente, José Miguel González Bruna ejerce como jefe del Departamento de Planificación, Control y Gestión Institucional.